中国科学院是国内自然科学研究、基础科学研究、理论研究的最高学术机构。
中国工程院是水利工程、土木工程、建筑技术等,工程科技界的最高荣誉性、咨询性学术机构。中国工程院对国家重要工程科学技术问题开展战略性研究,提供决策咨询。
中国工程院的前身是中国科学院技术科学部,成立于1994年,是国内工程技术科学的最高咨询机构(社科院和工程院都是从中科院分离出来的)。中国工程院并不像中国科学院那样有庞大的实体,而是由机关、院士大会、主席团、学部、咨询机构、附设机构组成的,它不设分院,不设研究所,没有院属大学,不培养研究生,相对于科学院来说,工程院是一个有点“虚化”的机构,工程院具有院士评审资格,由中国工程院评选的院士称为中国工程院院士,是国内工程技术领域最高学术称号。